samedi 3 décembre 2016

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L’origine géographique du choléra découverte : un seul ancêtre commun pour toutes les épidémies depuis 1950

Des scientifiques ont traqué l’émergence de la bactérie responsable du choléra, Vibrio cholerae, jusque dans le golfe du Bengale, la mer qui baigne au nord le Bangladesh, à l’ouest l’Inde et à l’est la Birmanie.

Le choléra est une infection intestinale très contagieuse qui ne touche que l’homme et dont la bactérie a été identifiée d’abord en 1854 puis redécouverte par Koch. Elle provoque des diarrhées brutales et abondantes entrainant une déshydratation sévère pouvant conduire au décès, parfois en seulement quelques heures. La contamination est fécale-orale, l’ingestion d’aliments ou d’eau souillée contaminant un nouvel individu. Toutefois une majorité de personnes contaminées ne présentera aucun symptôme mais éliminera le vibrio cholerae dans ses selles pendant 7 à 14 jours, permettant sa diffusion. De nos jours, des milliers de kilomètres peuvent être parcourus dans ce laps de temps. L’épidémie ayant récemment frappé Haïti reste dans toutes les mémoires. On estime aujourd’hui que 5 à 7 millions d’êtres humains sont porteurs de vibrio cholerae, qui tue plus de 100 000 personnes chaque année.

L’équipe internationale de scientifiques  ayant mené à bien cette découverte publie ses résultats dans la très prestigieuse revue Nature. Les chercheurs ont utilisé la dernière génération de séquensage ADN pour remonter la source des contaminations des 7 dernières grandes épidémies, expliquant en même temps la l’émergence de la résistance aux antibiotiques survenue d’après leurs résultats en 1982.

Le séquensage complet des génomes des différentes souches de choléra impliquées dans les 7 dernières pandémies ayant frappé différentes parties du monde, a révélé que ces souches proviennent toutes d’un ancêtre commun vivant il y a 40 ans dans le golfe du Bengale en Asie. C’est en analysant le séquensage de l’ADN simple brin des bactéries retrouvés chez 154 malades de ces différentes épidémies, que ces conclusions ont pu être apportées, permettant aussi de retracer les cartes de diffusion de ces 7 pandémies et leurs points de départ, le golfe du Bengale. Ces analyses ont également permis de repérer qu’en 1982, l’ADN de vibrio cholerae acquiert une nouvelle région génétique dénommée STX : cette mutation lui apportait la capacité de résister aux antibiotiques auparavant capables de le détruire.

Cette découverte permet de mieux comprendre les mécanismes facilitant la diffusion de vibrio cholerae et contredit une thèse préalable qui était que les épidémies de choléra naissait d’une bactérie implantée localement. C’est donc bien à chaque fois en partant du golfe du Bengale que le vibrio cholerae a diffusé en 3 grandes vagues (voir carte), provoquant des épidémie en Afrique, en Amérique du Sud et en Asie du sud-est. Le golfe du Bengale est donc le réservoir planétaire du vibrio cholerae. Les vagues épidémiques sont corrélés à l’activité humaine. C’est l’homme qui, en transportant la bactérie à travers le monde, est responsable de sa diffusion et des 7 épidémies constatées en 3 vagues depuis les années 1950.

Schéma représentant les 7 épidémies ayant frappé en  3 vagues (rouge, bleue, verte) depuis 1950

Cette découverte est concomitante à la confirmation que ce sont bien les troupes Népalaises de l’ONU qui ont apporté le choléra en Haïti où l’on compte dorénavant 6000 morts. Pour arriver à cette conclusion, une autre équipe de scientifiques, Danois et Népalais, à procédé de la même manière, comparant les génomes ADN du vibrio cholerae d’Haïti avec celui de l’épidémie ayant touché le Népal en 2010, au moment où les troupes Népalaises quittaient leur pays. Les résultats de l’analyse sont publiées dans la revue scientifique mBio et ne laisse plus aucune chance au doute : les deux génomes sont absoluement identiques.

L’existence d’un lien entre les deux épidémies avait été fortement suggérée par le rapport du Pr Piarroux, envoyé du ministère des affaires étrangères français. Cette découverte devraient pousser l’ONU à reconnaître ses torts, qu’elle avait tenté de nier, et l’inciter d’une part, à prendre ses responsabilités pour les dégâts provoqués actuellement et pour le futur de la population Haïtienne, et d’autre part à mettre en place des mesures préventives avant de déployer des troupes à travers le monde.

Source

Evidence for several waves of global transmission in the seventh cholera pandemic
Ankur Mutreja, Dong Wook Kim, Nicholas R. Thomson, Thomas R. Connor, Je Hee Lee, Samuel Kariuki, Nicholas J. Croucher, Seon Young Choi, Simon R. Harris, Michael Lebens, Swapan Kumar Niyogi, Eun Jin Kim, T. Ramamurthy, Jongsik Chun, James L. N. Wood, John D. Clemens, Cecil Czerkinsky, G. Balakrish Nair, Jan Holmgren, Julian Parkhill, Gordon Dougan
Nature, 2011

Population Genetics of Vibrio cholerae from Nepal in 2010: Evidence on the Origin of the Haitian Outbreak
Rene S. Hendriksen, Lance B. Price, James M. Schupp, John D. Gillece, Rolf S. Kaas, David M. Engelthaler, Valeria Bortolaia, Talima Pearson, Andrew E. Waters, Bishnu Prasad Upadhyay, Sirjana Devi Shresha, Shailaja Adhikari, Geeta Shakya, Paul S. Keim, Frank M. Aarestrup
mBio.00157-1123 August 2011 mBio vol. 2 no. 4 e00157-11

 

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