dimanche 4 décembre 2016

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Le génome de la bactérie de la peste noire ayant tué 30 millions d’Européens entre 1347 et 1351 a été reconstitué


Une équipe de scientifiques de l’université McMaster et de l’université de Tubingen ont reconstitué la totalité du génome de la peste noire, une bactérie ayant provoqué une hécatombe au XIV siècle en Europe, reconnue pour avoir été une des épidémies humaines parmi les plus dévastatrices. Elle fut aussi la première épidémie de l’histoire à être décrite par les chroniqueurs de l’époque. Ces résultats majeurs sont publiés dans la revue Nature.

C’est la première fais que des scientifiques réussissent le tour de force de recréer entièrement le génome d’un ancien agent pathogène et ce travail est passionnant à plus d’un titre. cette nouvelle capacité des scientifiques a effectivement des implications pour la recherche en pathologies infectieuses car elle peut permettre d’élucider les mécanismes dévolution et d’adaptation des maladies émergentes et ré-émergentes.

Dans des études précédemment publiées, l’équipe de scientifiques décrivait une méthodologie permettant d’extraire des petits morceaux d’ADN dégradés de la bactérie Yersinia Pestis, l’agent infectieux de la Peste Noire,  à partir de restes de victimes clairement identifiées comme décédées de cette infection. Pour la reconstitution finale de la bactérie de 1347, les scientifiques ont travaillé à partir des restes de victimes de la peste enterrées à Londres, dans des fosses communes de l’Est Smithfield, proche de la tour de Londres, préparées à l’occasion. Les morceaux d’ADN ont été prélevés dans la pulpe dentaire de 5 victimes.  Ces ADN ont été extraits, purifiés et les ADN d’origine humaine, ou provenant de pathogènes autres que Yersinia Pestis ont pu être éliminés.

La Peste Noire qui frappe l’Europe de 1347 à 1351, est donc causée par la bactérie Yersinia pestis. Il s’agit du meilleur exemple historique d’une pathologie émergente à dissémination rapide, provoquant un taux de mortalité extrêmement élevé, puisqu’il est estimé que 30 à 50% de la population Européenne y succomba en seulement 5 années.

Au début du XIV siècle, la peste bubonique sévissait de manière endémique en Asie centrale. L’origine de l’épidémie se situerait en 1334, dans la province chinoise du Hubei d’où elle va s’étendre à travers les provinces chinoises, une progression facilitée par les guerres entre chinois et mongols. En 1346, des Mongols, ayant ramené avec eux la peste, assiègent la ville portuaire de Caffa appartenant à Gènes, sur les bords de la mer Noire, en Crimée.  L’épidémie touche les assiégeants.  Ils catapultent les leurs décédés de la peste bubonique à l’intérieur de la ville, contaminant la population.  Faute de combattants, une trêve est signée et les bateaux génois quittent la ville, disséminant la peste dans tous les ports où ils jettent l’ancre : Messine est touchée en 1347, puis Gênes, Marseille, et Venise. En un an, la peste se répand sur tout le pourtour méditerranéen puis à toute l’Europe du sud au nord.

La peste existe toujours aujourd’hui mais le génome de la bactérie a évolué depuis l’époque médiévale. Il est supposé que des modifications de son génome ont permis à Yersinia Pestis d’acquérir une pathogénicité accrue, responsable de la sévérité de l’épidémie de 1347. Son génome s’est encore modifié par la suite pour aboutir à la bactérie que nous connaissons aujourd’hui, créant des infections moins sévères. La question que cherchait à percer les scientifiques est d’expliquer comment une bactérie sylvestre devient la plus grande tueuse que le monde ait jamais connu.

Après avoir reconstitué le génome de la bactérie Yersinia Pestis, responsable de la Peste Noire, et comparé son ADN avec celui des autres bactéries de Yersinia Pestis connues aujourd’hui, les analyses montrent que cette bactérie, ce variant, est l’ancêtre de toutes les pestes modernes que nous connaissons à travers le monde. Le génome de la bactérie comporte un seul chromosome de 4,6 millions de bases dont seulement 97 ont été depuis lors modifiées, ne changeant que douze gènes capables de transformer les propriétés de Yersinia Pestis. Chaque épidémie de peste à travers le monde est liée à un descendant de la peste noire de 1347. Chaque année, environ 2000 êtres humains succombent encore à cet agent infectieux.

“Nous avons découvert qu’en 660 années d’évolution, il y a eu finalement peu de modification du génome de cet ancien organisme, mais ces changements, même faibles, ont pu ou pas contribuer à la virulence accrue de cette bactérie qui a ravagé l’Europe” explique un des auteurs, “nous devons déterminer maintenant ce qui l’à rendu aussi mortelle”. Selon les auteurs, les différences n’expliqueraient pas à eux seuls la pathogénicité exceptionnelle de la Peste Noire. Très probablement, un ensemble de facteurs favorisant s’y sont associés tels que le climat, d’immunité des populations, les conditions sociales et des interactions avec des maladies concurrentes. .

Ces analyses ADN ont également permis de proposer que la Peste de Justinien, qui a sévi dans tout le bassin méditerranéen au VI siècle, ait été causée par une bactérie Yersinia Pestis différente.

L’histoire de la peste noire en 3 courts épisodes :


La Mort Noire – La Peste Noire partie 1/3… par alxka


La Mort Noire – La Peste Noire partie 2/3… par alxka


La Mort Noire – La Peste Noire partie 3/3… par alxka

Source

A draft genome of Yersinia pestis from victims of the Black Death
Kirsten I. Bos, Verena J. Schuenemann, G. Brian Golding, Hernán A. Burbano, Nicholas Waglechner, Brian K. Coombes, Joseph B. McPhee, Sharon N. DeWitte, Matthias Meyer, Sarah Schmedes, James Wood, David J. D. Earn, D. Ann Herring, Peter Bauer, Hendrik N. Poinar, Johannes Krause
Nature, 2011; DOI:10.1038/nature10549

Crédit Photo Miniatur aus der Toggenburg-Bibel (Schweitz) von 1411. Die Krankheit wird allgemein für Pest gehalten. Die Lage der Beulen oder Blasen deuten aber eher auf Pocken hin. [Category:Medicine in art]) 

 

 

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