Un nouveau coronavirus a été isolé des crachats d’un homme de 60 ans qui souffrait d’une pneumonie aigue et d’une insuffisance rénale. Ce nouveau virus appelé HCoV-EMC/2012, est en fait un nouveau bêtacoronavirus, qui depuis a franchi les frontières d’Arabie Saoudite où il a été découvert, et a créé une alerte mondiale, l’OMS confirmant hier que ce virus avait acquis la capacité de se transmettre d’homme à homme. Ce virus est très proche de celui du SARS qui en 2003 causa de nombreux décès chez l’homme.

Les coronavirus sont très répandus chez les chauves-souris, les oiseaux, les chats, les chiens, les cochons, chevaux, baleines ainsi que les hommes. Ils causent des troubles neurologiques, respiratoires, gastroentérologiques et hépatiques de sévérité variable. Quatres coronavirus sont connus pour être endémiques. En 2003, un nouveau venu, jusqu’alors inconnu du monde des humains s’est fait connaître sous le nom de SARS. Tous les coronavirus ont une grande capacité de mutation et d’adaptation à de nouveaux hôtes ou à de nouvelles niches écologiques.

C’est le 13 juin 2012 qu’un homme de 60 ans est hospitalisé à l’hôpital de Jeddah en Arabie Saoudite. Il souffre depuis 7 jours d’une fièvre, de toux, crache et a du mal à respirer. Il n’avait aucune pathologie connue, ne fumait pas, mais est obèse (IMC à 35). Il a une fréquence cardiaque élevée à 113 et une fièvre à 38,3°. La radiographie des poumons témoigne d’une atteinte des poumons droit et gauche ; des opacités apparaissent dans les bases pulmonaires qui vont d’étendre jours après jour. Les médecins ont prescrit de un antiviral de faible efficacité (oseltamivir) et des antibiotiques. Au cours de l’hospitalisation plusieurs germes différents seront retrouvés dans les prélèvements bronchiques faisant adapter le traitement antibiotique mais sans succès. Un passage en réanimation est décidé le jour même de l’admission et le patient est mis sous respirateur artificiel. Une insuffisance rénale s’installe et le patient décéde 11 jours après son arrivée à l’hôpital. Les atteintes cliniques de ce patients étaient comparables à celles connues avec le SARS.

Les analyses des crachats, le jour de l’admission, ne détectèrent pas les classiques virus de la grippe A ou de la grippe B, ni les parainfluenza virus 1 à 3, ni les adénovirus, mais pourtant des signes de réplication virales étaient constatés. Il s’agissait donc d’un autre virus qu’il fallait identifier. Des anticorps non identifiés retrouvés chez ce patient ont été recherchés sur un ensemble de 2400 prélèvement fait chez des consultants de l’hôpital venus entre 2010 et 2012 mais les recherches furent négatives : ces anticorps étaient inconnus dans la population, confirmant l’émergence d’un nouveau virus. L’analyse de son génome a permis de le placer dans l’arbre phylogénique des coronavirus et de confirmer qu’il était jusqu’alors inconnu.

Avant 2003, seulement deux coronavirus avaient été identifiés et en fait depuis longtemps, dans les années 1960. Mais leur nombre augmente depuis l’émergence du SARS en 2003 qui toucha 30 pays et tua 800 êtres humains. Ce nouveau coronavirus, HCoV-EMC/2012, porte à 6 le nombre dorénavant connus de coronavirus. Il est possible que les chauves souris soient le réservoir naturel de ce virus ; il y a de très nombreuses chauves souris en Arabie Saoudite. A l’époque, c’est à dire il y a maintenant un an, aucun médecin ni infirmière ou autre personnel de l’hôpital, ayant approché le malade, n’ont été contaminés par le virus, suggérant alors une absence de transmission interhumaine. Trois mois plus tard un patient ayant voyagé en Arabie saoudite et étant rentré en Angleterre par le Quatar était atteint du même coronavirus, sans qu’il ne soit possible d’établir un lien entre les deux patients.

Un an plus tard, au 15 mai 2013, 38 cas d’infections humaines sont confirmés par le HCoV-EMC/2012 ainsi que 20 décès, au Moyen-Orient, en Arabie Saoudite (28 cas/15 DC), au Qatar , en Jordanie (2cas /2 DC) ainsi qu’en Angleterre (4cas/2 DC), en Allemagne (2cas/1DC) et depuis peu en France (3cas/1DC). Une alerte mondiale est lancée répétant en fait la situation du 12 mars 2003 lorsque l’OMS avait lancé une alerte mondiale au SARS qui aboutit le 24 mars, après la jonction des efforts des équipes de l’OMS et du CDC  américain, à l’annonce de l’identification d’un nouveau Coronavirus le SARS.

Concernant le nouveau venu, il poursuit sa diffusion progressivement sans que l’on identifie pour l’instant de facteur de risque particulier mis à part un risque de transmission interhumaine depuis le cas français. Hier, 4 nouveau cas ont été annoncés à Al-Ahsa en Arabie Saoudite, une ville qui compte déjà 9 décès liés au virus et où 6 personnes infectées sont toujours hospitalisées, parmi lesquels deux personnels de santé contaminés par un patient. Pour l’instant, nul besoin de Une alarmiste comme certains journaux sont déjà tentés de le faire. Des émergences virales vont se multiplier, qu’il s’agisse de virus de la grippe A, de coronavirus ou de virus de la grippe aviaire telle que celle qui sévit toujours en Chine.

Source

Isolation of a Novel Coronavirus from a Man with Pneumonia in Saudi Arabia
Ali Moh Zaki, M.D., Ph.D., Sander van Boheemen, M.Sc., Theo M. Bestebroer, B.Sc., Albert D.M.E. Osterhaus, D.V.M., Ph.D., and Ron A.M. Fouchier, Ph.D.
N Engl J Med 2012;367:1814-20.

Experts hired as 6 new coronavirus cases detected
Arab News 15 mai 2013

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