Que sait-on du Coronavirus COVID-19?

Contaminations référencées par l’OMS au 1 mars 2020
(Lien pour mise a jour)

Le virus COVID-19, connu sous le nom de coronavirus est un Betacoronavirus dont l’origine, du fait de sa proximité génétique avec le SRAS, provient probablement des chauves-souris chrysanthemum. Le virus utilise un pic de protéines pour pénétrer les cellules et s’attache avec une grande affinité au récepteur de l’enzyme de l’angiotensine 2, d’une maniére similaire au virus SRAS. L’enzyme de l’angiotensine 2 est fortement exprimée dans les cellules alvéolaires des poumons et il est souvent considéré que les asiatiques males ont une expression accrue de ce type cellulaire ce qui pourrait expliquer, en partie, le plus grand nombre d’hommes asiatiques touchés. Le tabagisme peut-être une autre explication sachant que 50% des hommes chinois fument contre seulement 2% des femmes chinoises.

Il y a probablement un hôte intermédiaire entre la chauve-souris et l’homme, le pangolin, un fourmilier extremement trafiqué en Chine est suspecté.

On estime que la période d’incubation du virus, la période pendant laquelle il infecte des cellules avant de causer des symptômes, est de 1 a 14 jours avec une médiane de 5-6 jours, même si des rapports plus récents tendent à montrer que cette période pourrait s’étendre a 24 jours. Cette période de 14 jours et celle actuellement utilisée par l’OMS et les centres de contrôle pour les mises en quarantaine. Elle pourrait donc ne pas être suffisante. 

La contamination interhumaine se ferait a travers de grosses gouttelettes de salives mais le virus est également retrouvé dans le sang et les selles posant la question d’autres modes de transmission potentiels, et donc de la nécessité de nouveaux modes de protection. 

Son taux de reproductivité, le nombre de cas secondaires générés par un malade, est estimé entre 2 et 3, un chiffre supérieur au SRAS et a la grippe commune. Un patient asymptomatique semble capable de transmettre le virus. A ce jour, la transmission périnatale n’est pas confirmée après un suivi de 9 femmes enceintes.

Les études publiées de patients hospitalisés (donc déjà chez des patients très symptomatiques), suggèrent un âge médian de 50 ans, avec 25% d’aggravation nécessitant une réanimation, et 10% une ventilation assistée. D’autres études chez des adultes jeunes et les enfants suggèrent une plus grande bénignité. Les symptômes les plus courants sont une fièvre chez 83-98% des patients, une toux sèche chez 76-82%, une fatigue et des myalgies ou une fatigue chez 11-44%. D’autres symptômes ont été rapportés, des maux de tête, une gorge douloureuse, des douleurs abdominales et des diarrhées. Les test biologiques peuvent montrer une lymphopénie dans 70% des cas, un temps de prothrombine accru dans 58% des cas et une élévation des lactates deshydrogénases dans 40% des cas. Aucunes de ces anomalies n’est discriminante.  Les radiographies de poumons  ou le scanner montrent des infiltrats.

A l’heure actuelle, il apparaît que la grand majorité des patients ont une pathologie modérée. Il reste cependant nécessaire de mieux évaluer le spectre de la pathologie.

En effet le taux de mortalité reste très variable. Certain rapports précoces ont évoquéchez un taux de mortalité de 8 a 15% les personnes âgées infectées dans la province chinoise du Hubei. Le taux de mortalité est accru chez les patients présentant déjà d’autres pathologies associées et qui développent des symptômes pulmonaires sévères. En dehors de la région chinoise du Hubei ou le virus à débuté son histoire, le taux de mortalité ne semble pas plus élevé qu’un ou deux pour-cent.

Pour l’instant, encore très peu de tests ont été conduits car les recommandations étaient de réserver les tests aux personnes symptomatiques revenant de pays considérés comme ayant une épidémie, en particulier la Chine, ou ayant été en contact avec une personne infectée. Par exemple aux Etats-Unis, moins de 500 tests ont été réalisés. Le test utilise un prélèvement nasopharyngé ou idéalement un prélèvement pulmonaire, qui subiront une recherche par réaction en chaine par polymérase (PCR).

Le traitement est celui de toute infection pulmonaire virale avec des soins supportifs et si nécessaire une oxygénation. Les corticoides ne sont pas recommandés. Le remdesivir est utilisés dans des essais cliniques . L’association lopinavir/ritonavir, suite à des tests chez l’animal, est également en essai clinique. En Chine, la favilavir, un médicament de la grippe commune est approuvé pour des essais cliniques. Plus de 100 essais cliniques sont actuellement en cours. Par ailleurs plus de 11 candidats vaccins sont en développement, et le National Institute of Health Américain débutera un essai de phase 1 en mars 2020.

Il est recommandé aux soignants de porter un ensemble de protections, des gants, des lunettes, un masque et un respirateur N95 (recommandation du CDC américain). S’il est également recommandé d’isoler les patients confirmés, le manque de pièces ventilées dans la plupart des hôpitaux rendent ces recommandations difficiles à respecter. A noter que le port du masque chez les personnes saines n’est absolument pas recommandé.

Les mises en quarantaines restent discutables en terme d’efficacité. S’il est actuellement commun de penser que les restrictions de déplacement imposées par le gouvernement Chinois ont pu ralentir la dissémination, celle du paquebot de croisière Diamond Princess, imposée par le gouvernement Japonais a conduit nombre de personnes vers une infection certaine. 

Sources 

COVID-19—New Insights on a Rapidly Changing Epidemic, Carlos del Rio, Preeti N. Malani, JAMA. Published online February 28, 2020.

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